Roku 1634 vyhořel kostel spolu s městem, ale ještě během třicetileté války byl opět obnoven a roku 1669 vysvěcen litoměřickým biskupem. Při dalším požáru města roku 1710 lehl kostel opět popelem. Postaven byl znovu v letech 1711 - 1722 i s věží zřejmě podle plánů dvorního architekta J.L.von Hilddebrandta. Klenbu a její výzdobu zřejmě provedl Ottavio Broggio z Litoměřic.
Objekt kostela je ranně barokní a sochy v kostele jsou ve stylu vrcholného baroka od místního rodáka Franze Bienerta a Josefa Kleina, rodáka z České Kamenice. Stavba je jednolodní s třemi páry bočních výklenků, v nichž jsou empory. V prostředním jižním výklenku je hlavní vchod a naproti je oltář svaté Barbory, kde se v době vánoční staví dřevěný ručně vyřezávaný betlém.
Hlavní oltář je z konce 18. století. Oltářní stůl je z původního kostela, který vyhořel v roce 1710.
Na levé straně od oltáře je socha sv. Ludmily a napravo pak socha sv. Víta. V horní části oltáře je obraz od Jana Jiřího Schmidta „Zavraždění svatého Václava". Na pravé straně od oltáře je na pilastru socha sv. Prokopa a na levém sv. Vojtěch. Na stěně proti oltářnímu stolu jsou proti sobě dvě zasklené vitríny s figurínami římských mučedníků Sv. Innocentia a
Sv. Innocentie. Jejich ostatky byly do Šluknova přineseny v letech 1674 - 1723. Na pilířích chrámového oblouku jsou dva protějškové oltáře z 18. století. Pravý oltářík je zasvěcen
sv. Janu Nepomuckému a levý Panně Marii. Na dalším pilíři je kazatelna, která byla vyhotovena podle kazatelny u sv. Klimenta v Praze.
Na kruchtě jsou varhany postavené v letech 1937 - 1942 známou firmou Schuster a syn ze Žitavy. Tyto varhany jsou stavěny přímo pro kostel svatého Václava ve Šluknově. Jedná se o mistrovské dílo, které vychází z výborné akustiky chrámu. Varhany mají 3 manuály s pedálem, 47 znějících rejstříků a 2980 píšťal.
Na vnější straně jsou vpravo i vlevo od hlavního vchodu ve zdi zazděny dva historické kamenné náhrobky. U samotného vchodu jsou pak osazeny sochy mučedníků - sv. Jana a
sv. Pavla.
V parčíku na severní straně kostela jsou umístěny sochy tří českých světců, které byly původně umístěny na frekventovaných místech ve městě, kde trpěly vlivem škodlivin a otřesům od automobilové dopravy. Uprostřed stojí svatý Jan Nepomucký a po stranách jsou sochy svatého Vojtěcha a svatého Prokopa. V zahrádce před farou je socha patrona kostela svatého Václava.
